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TMT 标记蛋白质组

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发布时间：2024-05-21 08:15:32 更新时间：2024-12-22 09:48:42

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　　TMT(Tandem Mass Tags)是由美国Thermo公司研发的体外同重同位素标记的定量技术。该技术采用10-plex或16-plex标记试剂，可以同时比较10组或16组样本之间的蛋白表达差异。TMT同位素试剂标记多肽氨基基团后，等量混匀多肽并进行LC-MS/MS分析。一级质谱中，不同样品来源的同一肽段表现出相同的m/Z;二级质谱中，化学键断裂释放出报告离子，低质量区的报告离子强度反映了该肽段在不同样品中的相对表达量，高质量区的肽段碎片离子m/Z反映了该肽段的序列信息。质谱原始数据经过数据库检索，即可得到样本中所含蛋白及其表达差异。

数据分析

标准数据分析内容
鉴定分析	鉴定与定量结果统计；单个样本蛋白质鉴定结果统计；韦恩图
表达差异分析	差异结果统计；差异结果柱状图；火山图；聚类分析图；
多组的比较分析（组别>=3）	mufzz聚类；雷达图；箱线图
功能分析	亚细胞定位；结构域分析；GO功能分析；KEGG通路分析；互作网络分析
质量控制分析	肽段离子质量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白质丰度比分布
高级数据分析
功能分析	GSEA富集分析
临床药物研究	药物靶点注释
标志物筛选	集成机器学习
与临床表征的联合分析	热图；弦图；ROC分析；WGCNA分析

· 推荐应用领域

1. 农林领域：抗逆胁迫机制，生长发育机制，育种保护研究等

2. 畜牧业：肉类及乳品质研究，致病机理研究等

3. 基础医学、临床诊断：生物标志物，疾病机理机制，疾病分型，个性化治疗等

4. 生物医药：药物作用机理，药效评价，药物开发等

5. 微生物领域：致病机理，耐药机制，病原体-宿主相互作用研究等

6. 海洋水产：渔业资源，海水养殖，渔业环境与水产品安全等

7. 生物能源、环境科学领域：发酵过程优化，生物燃料生产，环境危定风险评估研究等

8. 食品营养：食品储藏及加工条件优化，食品组分及品质鉴定，功能性食品开发，食品安全监检测等

· 送样建议

样品类型		推荐样本量
动物组织类	常规动物组织（脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等）	≥30mg
植物组织类	柔软组织（木本植物的叶、花等，草本科植物，藻类，蕨类植物，大型真菌等）	≥100mg
微生物类	菌类	≥50mg
细胞样品	悬浮/贴壁培养细胞	≥1 × 10^7
体液样本	血清/血浆	≥100μL
外泌体	提取完成的外泌体	≥100μg
其他类	细胞上清	≥5mL