靶向lncRNA单细胞全转录组测序

长非编码RNA（lncRNA）在许多重要的生物过程中起着关键作用，包括发育、疾病和癌症。但是，这些lncRNAs在单细胞水平上的表达和功能尚不清楚。为了更好地理解这些lncRNAs在单细胞水平上的表达和功能，可以采用靶向lncRNA的单细胞全转录组测序技术。

这种技术的步骤可能包括：

1. 单细胞分离：使用流式细胞仪或微流控技术将单个细胞分离出来。
2. RNA提取：使用高效的RNA提取方法，从单个细胞中提取RNA。
3. 靶向扩增：设计特定的引物，只扩增感兴趣的lncRNA，或者使用特定的RNA探针靶向捕获这些lncRNA。
4. cDNA合成：使用逆转录酶将RNA转化为cDNA。
5. 库构建和测序：使用特定的测序库构建方案，如Illumina或者10x Genomics，构建测序库，并进行测序。
6. 数据分析：使用专门的生物信息学工具，如STAR，HISAT2等进行比对，然后使用cufflinks，StringTie等进行转录本的重建和定量。最后，可以使用PCA，t-SNE，UMAP等工具进行数据的可视化分析。

这种方法可以帮助研究者理解在某些特定细胞中，特定的lncRNA是如何表达的，以及这些lncRNA可能如何影响细胞的功能。

长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一类长度大于200nt，没有蛋白质编码能力，或只能编码短肽的RNA分子。在过去的几十年中，研究者们逐渐认识到lncRNA的重要性，发现lncRNA在细胞分化、生长发育、免疫应答、基因转录调控、RNA加工修饰等方面具有重要的调节作用^[1-4]。然而，由于lncRNA的丰度普遍较低，一般只有mRNA的十分之一左右^[5]。传统的测序技术包括单细胞测序技术在低丰度转录本（比如lncRNA）的检测上存在灵敏度不高和检测不准确等问题，在测序建库过程中，对低丰度的转录本进行特异性的靶向扩增，则可以实现对这些转录本更灵敏、更准确的检测。为此，我们设计了针对lncRNA的靶向panel，包含315个和148个已报道的，与人或小鼠生物学功能或疾病相关的功能性lncRNA。在单细胞测序建库过程中，使用lncRNA靶向panel对功能性lncRNA分子进行多重PCR扩增，极大的提高了lncRNA的检测灵敏度和准确性，使得在单细胞水平分析低丰度、功能性lncRNA表达情况成为可能。

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