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表观遗传多组学

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发布时间：2024-05-21 08:15:32 更新时间：2024-10-29 18:09:23

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　　表观遗传多组学DNA甲基化+转录组(RNA-seq)

　　联合转录组(RNA-seq)，可以了解样本中DNA甲基化修饰和RNA表达是否存在整体上的相关性、样本中哪些基因的转录表达受到DNA甲基化修饰的影响的基因及功能。

　　RNA甲基化(m6A修饰)+转录组(RNA-seq)

　　在进行m6A相关研究时结合转录组(RNA-seq)，进一步挖掘RNA甲基化酶靶基因，探究转录本修饰水平与基因表达水平的相关性。

　　染色质微环境多组学ATAC-seq+转录组(RNA-seq)

　　将 ATAC 与转录组 (RNA-seq) 关联分析，可以研究 ATAC 信号反映的染色质开放性程度与基因表达调控的机制，评估用染色质开放性阐述转录水平乃至下游表型变化的可信度。

　　CUT&Tag+ATAC-seq+转录组(RNA-seq)

　　CUT&Tag 与 ATAC-seq 以及转录组 (RNA-seq)联合分析，可以探究组蛋白标记调控和染色质开放性的一致相关性，探究转录因子调控转录起始的过程，以及完善染色质微环境调控基因表达的调控网络。

　　Hi-C+转录组(RNA-seq)

　　整合 Hi-C 与转录组 (RNA-seq)数据，用以研究染色体结构变化与基因表达调控之间的关系，从基因组、转录组两种组学结合的视角阐述生物体性状形成的相关机制。

多组学送样建议

DNA 甲基化	取样标准	表观遗传学具有显著的组织特异性，不同组织细胞间甲基化状态可能会有巨大差异，重点需要参考老师的研究课题进行取样
DNA 甲基化	测序深度	全基因组甲基化测序，测序深度建议 30×/ 样
RNA 甲基化 (m6A 修饰 )	取样标准	取样时间、部位、环境等尽量保持一致，不同类型的样本可能会存在一定差异，针对具体研究部位进行取样
ATAC-seq	取样标准	取样过程中，尽可能减少人为造成的样品间差异，且确保自己的样本没有外源污染
CUT&Tag/ChIP-seq	取样标准	采集的样本应该通过严格的细胞学、组织学、病理学等相关鉴定，且确保自己的样本没有外源污染
Hi-C	取样标准	微小个体生物，建议选择相对近源的物种进行混样，混样个体切忌太多；含水量极高的样本，建议客户多准备一些样本，选择底部细胞沉淀进行实验；辅助组装样本尽可能保持与基因组样本来自同一个体 ( 或相对近源的个体 )
注：各组学样本分装保存并寄送

DNA 甲基化	RNA 甲基化	Hi-C
甲基化位点检测	结合位点检测 (peak calling)	互作图谱构建
单样本甲基化分析	Motif 分析	差异互作图谱分析
功能区域甲基化水平分布	基因功能区 peak 分布	A/B compartments 分析
差异甲基化区域分析	差异分析	TAD 分析

DNA 甲基化	RNA 甲基化 (m6A 修饰 )	ATAC-seq	CUT&Tag/ChIP-seq	Hi-C
与 RNA-seq 联合分析
从染色体层面、基因及上下游层面展示 DNA 甲基化修饰与基因表达的关系研究转录组差异基因表达与甲基化修饰的关系揭示 DMR 相关基因的表达与甲基化修饰的关系研究 DMR 相关基因与差异基因的 overlap 基因并进行功能分析	结合转录组数据，筛选 overlap 基因集 Overlap 基因集功能分析	获得 RNA-seq/ ATAC-seq 信号分布情况；研究差异表达与染色质可及性关系；研究差异表达与差异染色质可及性，筛选 overlap 基因集并进一步分析；	研究基因的表达水平和 CUT&Tag 信号水平关系差异表达基因的表观水平变化的研究研究差异峰相关基因的表达水平变化筛选并分析差异表达与差异峰相关 overlap 基因集并进行功能分析	研究处理组和对照组 A/B compartment 的变化区域与对应的基因的表达水平变化统计差异互作区域对应的差异表达基因的表达水平，并观察三维染色质互作的变化与基因表达变化的关系鉴定保守 TAD 区域，并利用转录组数据对其进行分类分析；

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