STR（短串联重复序列，Short Tandem Repeat）鉴定是细胞株身份验证的核心技术，用于检测细胞基因组的特异性短重复序列，确保细胞株的遗传一致性，避免交叉污染或误标。以下是STR鉴定的标准化流程及关键要点：
一、STR鉴定原理
- STR位点：基因组中由2-7个碱基重复构成的非编码序列，具有高度多态性（如D5S818、D13S317等）。
- 应用场景：
- 细胞株身份验证（如Hela、HEK293）。
- 细胞交叉污染排查（如小鼠细胞污染人类细胞）。
- 科研实验可重复性保障。
二、标准化检测流程
1. DNA提取
- 试剂盒选择：基于细胞类型选择（贴壁细胞用蛋白酶K裂解，悬浮细胞直接离心）。
- 关键步骤：
- 裂解细胞（含SDS和EDTA的缓冲液）。
- 纯化DNA（硅胶柱吸附法或磁珠法）。
- 浓度检测（Qubit荧光计，要求≥1ng/μL）。
2. PCR扩增
- 引物选择：
- 核心位点：国际标准推荐8-23个位点（如ATCC采用9个核心位点：D5S818、D7S820、D13S317等）。
- 多重PCR：同时扩增多个STR位点（荧光标记引物）。
- 反应体系：
- 模板DNA：1-10ng。
- 循环条件：95℃预变性5min→（94℃ 30s → 60℃ 30s → 72℃ 45s）×30循环→72℃延伸10min。
3. 毛细管电泳分析
- 设备：ABI 3500/3730基因分析仪。
- 步骤：
- 将PCR产物与内标（GeneScan 600 LIZ）混合。
- 电泳分离扩增片段，检测荧光信号。
- 软件分析（GeneMapper或PeakScanner）生成STR图谱。
4. 数据比对与判定
- 数据库比对：
- 公共数据库：ATCC、DSMZ、JCRB。
- 判定标准：≥80%位点匹配（ASN-0002标准）。
- 交叉污染判断：
- 多峰信号提示混合DNA来源（如两个细胞株污染）。
- 小鼠污染检测：特定位点（如Myc-1、ChrY）出现小鼠STR信号。
三、核心STR位点与判读规范
| 位点名称 |
染色体位置 |
重复单元 |
常见细胞株等位基因范围 |
| D5S818 |
5q21-q31 |
(AGAT)n |
7-16（Hela: 11,13） |
| D13S317 |
13q22-q31 |
(TATC)n |
8-15（HEK293: 12,12） |
| D7S820 |
7q11.21-q11.22 |
(GATA)n |
6-14（MCF7: 10,12） |
| vWA |
12p12-pter |
(TCTG)n |
14-21（K562: 16,18） |
四、质量控制与常见问题
1. 质控要点
- 阴性对照：加入无模板PCR反应，排除试剂污染。
- 阳性对照：已知STR谱的细胞DNA（如ATCC提供的标准品）。
- 峰高阈值：≥200 RFU（相对荧光单位）判定为有效信号。
2. 常见问题与解决
| 问题 |
原因分析 |
解决方案 |
| 无扩增信号 |
DNA降解或PCR抑制剂残留 |
重新提取DNA，增加模板量或稀释样本 |
| 多峰/杂峰 |
细胞交叉污染或异倍体 |
亚克隆纯化细胞，重新检测 |
| 位点缺失 |
引物结合区突变或基因组缺失 |
更换引物或增加备选位点（如Penta D/E） |
| 小鼠污染信号 |
培养体系中混入小鼠细胞 |
使用物种特异性检测试剂盒验证并重新培养 |
五、国际标准与认证
- ATCC标准：采用9个核心STR位点，要求≥80%匹配。
- DSMZ指南：推荐检测15个位点（包括性别标记Amelogenin）。
- ISO认证：ISO 20387（生物样本库质量体系）要求定期STR检测。
六、应用建议
- 细胞入库前必检：新获取的细胞株需完成STR鉴定并建档。
- 定期复检：每3-6个月或关键传代节点（如传代20次后）重新检测。
- 实验对照：关键实验前验证细胞身份，避免数据偏差。
- 数据存档：保存原始电泳图谱及比对报告，供论文发表或复核使用。
通过标准化STR鉴定流程，可显著提升科研数据的可靠性，减少因细胞误标导致的资源浪费。建议实验室配备专用设备或与第三方检测机构合作（如中检院、华大基因），确保结果权威性。
